实验室实行主任负责制，下设实验室办公室、医学信息基础理论研究部、医疗信息技术应用研究部、医学信息工程研究部。研究单元构成如图所示。

（1）实验室主任：罗爱静
（2）实验室副主任：王维、王安莉、胡德华、谢文照
（3）学术委员会
主 任：宋余庆
副主任：罗爱静、袁洪
秘 书：谢文照
委 员：王伟、崔雷、马路、董建成、郭继军、杨克虎、谢志耘、周纯
（4）实验室办公室
主任：姚山虎
组成人员：谢文照、胡超、姜芬、王辅之、孙伟伟、罗京亚、欧阳威
（5）医学信息基础理论研究部
主任：胡德华（兼）
组成人员：罗爱静、陈先来、李后卿、邓云龙、杜方冬、谢文照、王辅之、孙伟伟、陈亚南、刘新春
（6）医疗信息技术应用研究部
主任：王安莉（兼）
组成人员：胡建中、袁洪、陈志刚、黄玉成、黄刊迪、胡超、姜芬、罗京亚、毛平、钟竹青
（7）医学信息工程研究部
主任：王维（兼）
组成人员：夏昆、黄玉成、欧阳文、张如旭、容鹏飞、胡正茂、胡鹏志